آرمان- میکروب‌های بیماری‌زا که برای مبارزه با آنان از آنتی‌بیوتیک استفاده می‌شود، با جهش ژنی (موتاسیون) نسبت به این داروها مقاومت پیدا می‌کنند و نسل‌های جدیدی به وجود می‌آیند که نمی‌توان با آنها مبارزه کرد. به این جریان، مقاومت آنتی‌بیوتیکی گفته می‌شود. از مهم‌ترین عوامل این نوع مقاومت دارویی، مصرف خودسرانه و یا بیش از حد آنتی بیوتیک‌هاست. مصرف بی‌رویه آنتی‌بیوتیک‌ها اغلب کشورها از جمله ایران را در معرض خطر جدی مقاومت میکروبی قرار داده است. بر اساس گزارش سازمان بهداشت جهانی، ایران در میان کشورهایی طبقه بندی شده که تعداد مقاومت چند دارویی در آنها، برای بیش از پنج مورد از باکتری‌ها مشاهده شده است. در دهه‌های اخیر مصرف آنتی بیوتیک علاوه بر پزشکی در کشاورزی هم افزایش چشمگیری داشته و آنتی‌بیوتیک‌ها در دامداری، پرورش مرغ و طیور، پرورش ماهی و آبزیان، تولید محصولات کشاورزی و در باغ‌های میوه استفاده می‌شود. بنابراین مقاومت به آنتی بیوتیک، کشاورزی و محیط‌زیست را هم تحت تاثیر قرار می‌دهد.
اخیرا سیدحسن قاضی‌زاده هاشمی وزیر بهداشت از برنامه مشترک این وزارتخانه با سازمان‌های دامپزشکی، غذا و دارو و جهاد کشاورزی برای کنترل مقاومت میکروبی در کشور خبر داده و تاکید کرده است که باید مقاومت میکروبی را در برابر بیماری‌ها به حداقل برسانیم. مقاومت میکروبی موضوعی است که سال‌هاست در حوزه سلامت و درمان مطرح است و راهی جز اصلاح الگوی مصرف آنتی بیوتیک‌ها ندارد. ایران یکی از کشورهایی است که با تجویز بیش از اندازه این داروها روبه‌روست و مصرف آنتی‌بیوتیک در این کشور تقریبا برابر با کل مصرف آن در اروپاست. بر این اساس، مصرف آنتی‌بیوتیک در ایران ۱۶ برابر استاندارد جهانی است. آنتی‌بیوتیک‌ها برای درمان عفونت‌های باکتریایی استفاده می‌شود و استفاده هوشمندانه از آنتی‌بیوتیک و جایگزین کردن محصولات ارگانیک به جای محصولات گلخانه‌ای، کلید کنترل گسترش مقاومت آنتی‌بیوتیکی است.
مصرف غیرمستقیم آنتی‌بیوتیک با غذا
صنعت دامپروري در جهان دومين مصرف‌كننده بزرگ آنتي بيوتيك‌هاست. استفاده از آنتي‌بيوتيك‌ها به عنوان ارتقادهنده رشد با گسترش پرورش دام و استفاده از محصولات دامي شكل گرفت. هدف استفاده از آنتي‌بيوتيك‌ها به عنوان ارتقادهنده رشد، افزايش كارايي هضم و جذب غذا و استفاده از غذا در حيوان است اما استفاده از هرگونه آنتي‌بيوتيك با ايجاد مقاومت در باكتري‌ها همراه است. آنتی‌بیوتیک‌ها از نخستین مواد صناعی بودند که به عنوان افزودنی خوراکی و محرک رشد در طیور و دام مورد توجه دامداران و مرغداران قرار گرفتند. بیش از چندین دهه است که این مواد با غلظت‌های کم در دامداری‌ها و مرغداری‌های بیشتر نقاط جهان در راستای کنترل جمعیت میکروبی لوله گوارشی و به خصوص روده استفاده می‌شوند. آنتی‌بیوتیک‌ها از طریق بهبود رشد و ضریب تبدیل خوراک، کاهش مرگ و میر و کاهش نرخ ابتلا به بیماری‌ها، شاخص تولید را بهبود می‌دهند.
برخی از آنتی‌بیوتیک‌ها از طریق هر سه مکانیسم یاد شده و برخی نیز از طریق کاهش ابتلا به بیماری‌ها منجر به افزایش سود در مزرعه می‌شوند. گمان می‌رود که آنتی‌بیوتیک‌ها در شرایط تنش‌زا تاثیر‌های مثبت خود را بر جای گذاشته و در مزارعی که مدیریت صحیح داشته و استاندارد‌های بهداشتی و امنیت زیستی به خوبی رعایت می‌شوند، پاسخ مثبت ضعیفی را ایجاد می‌کنند. استفاده طولانی‌مدت از آنتی‌بیوتیک‌ها در گله‌های دام و طیور می‌تواند خطر مقاومت دارویی در جامعه بشری را افزایش دهد. علاوه بر خطر جدی مقاومت دارویی، مسائل و مشکل‌های دیگری به هنگام استفاده از آنتی بیوتیک‌ها در صنعت طیور گزارش شده است. به‌عنوان مثال، برخی معتقدند که برخی از آنتی‌بیوتیک‌ها در انتقال یون‌های فلزی به واکنش‌های شیمیایی نقش داشته و منجر به شکل‌گیری رادیکال‌های آزاد می‌شوند. باکتری‌های مقاوم می‌توانند از حیوانات سازنده مواد غذایی با تعدادی روش‌ها به انسان برسند. اگر یک حیوان در حال حمل باکتری‌های مقاوم باشد این باکتری‌های مقاوم می‌توانند از طریق گوشت پخته نشده منتقل شوند. همچنین ممکن است این باکتری‌ها با مصرف محصولات غذایی آلوده با کودهای حیوانی به انسان برسند.
باکتری‌های مقاوم پس از انتقال می‌توانند در دستگاه گوارش انسان باقی بمانند و بین افراد پخش شوند که در این صورت مشکل در درمان عفونت زیاد است و شانس بالاتری در شکست درمان وجود دارد. همچنین تحقیقات نشان داده است در آبیاری مزارعی که با آب‌های سطحی مخلوط با پس‌آب‌های صنعتی تغذیه می‌شوند، آنتی بیوتیک‌ها در فرایند تصفیه به صورت کامل حذف نمی‌شوند و در محیط باعث مقاومت میکروارگانیزم‌ها می‌گردند، اگرچه غلظت این مواد در آب در حد نانوگرم و میکروگرم است اما با ذخیره‌شدن در بدن طیور و دام و گیاه امکان ایجاد بیماری برای انسان و حیوان را دارند.
تولید محصولات ارگانیک
غذاهای ارگانیک به غذاهایی اطلاق می‌شود که بدون استفاده از آفت‌کش‌ها و علف‌کش‌های مصنوعی و ارگانیسم‌های اصلاح شده ژنتیک تولید شده باشند. از معیارهای غذاهای ارگانیک آن است که تغذیه دام و طیور باید 100درصد از خوراک ارگانیک بوده باشد و هیچ گونه آنتی‌بیوتیک و هورمون نباید در رشد محصول استفاده شود. در حال حاضر در کشور ما سرانه مصرف سم در محصولات کشاورزی به ازای هر نفر ۴۰۰ گرم است و همچنین میزان مصرف کود شیمیایی از 5/2 به 5/3میلیون تن در ۱۰ سال گذشته افزایش داشته است. در کشاورزی متعارف بیش از ۳۰۰ نوع ترکیب شیمیایی خطرناک نظیر آفت‌کش‌ها، علف‌کش‌ها و کودهای شیمیایی به‌منظور کنترل آفات و حشرات و حاصلخیزسازی خاک استفاده می‌گردد که بقایای این مواد علاوه بر آلوده کردن آب‌های زیر زمینی و هوا، جذب گیاهان و درختان شده و بخشی از آن در محصولات کشاورزی به عنوان نمونه میوه‌ها و سبزی‌ها رسوب کرده و طی مصرف به بدن انسان منتقل خواهد شد.
توجه به تولید بیشتر محصولات ارگانیک در کشور، نه تنها از جنبه مبارزه با بیماری‌ها و ارتقای سلامت جامعه مفید است بلکه با توجه به تقاضاى روزافزون براى مصرف محصولات کشاورزى ارگانیک و شرایط اقلیمی مناسب ایران برای زراعت و دامپروری ارگانیک، مى‌توانیم صادرات پرسودی از محصولات ارگانیک به سایر کشورها داشته باشیم. ارزش بازاری محصولات کشاورزی ارگانیک در دنیا، نسبت به محصولات معمولی 7/1 تا ۴ برابر است، بنابراین اگر کشاورزان ایرانی بتوانند محصول ارگانیک تولید و صادر کنند، ارزش صادرات کشاورزی نیز ۲ تا ۴ برابر خواهد شد. با تولید و صادرات محصولات ارگانیک ارزش افزوده محصولات کشاورزى چهار برابر مى‌شود.
حذف تدریجی آنتی‌بیوتیک‌ها در مواد غذایی
برای توسعه محصولات ارگانیک نباید از موانع و شرایط محصولات غیرارگانیک و حاوی آنتی‌بیوتیک‌ها غافل شد. عواملی از قبیل عدم دسترسی به داده‌های مربوط به ارزیابی خطر در زمینه استفاده از آنتی‌بیوتیک‌ها در حیوانات و اثربخشی اقدامات کنترلی، نبود روش‌های استاندارد جمع‌آوری داده‌ها، نبود همکاری‌های بین بخشی در پایش مقاومت میکروبی در باکتری‌های جدا شده از انسان، حیوان و غذاها، قوانین ناکافی برای محدود کردن مصارف مورد تایید آنتی‌بیوتیک‌ها و فراهم بودن کنترل نشده داروهای آنتی میکروبیال، ارزیابی اثر استفاده از آنتی‌بیوتیک‌ها در دام و زراعت بر سلامت عمومی و انجام اقدامات اصلاح‌کننده را مشکل می‌کند.
برای یافتن بهترین راه‌حل‌ها در مورد این مساله، مرور سیاستگذاری سازمان جهانی بهداشت برای مبارزه با مقاومت میکروبی، اقدامات ملی و بین‌المللی از قبیل همکاری‌های بین بخشی بین سازمان غذا و داروی ایران، سازمان دامپزشکی ایران، موسسه استاندارد و تحقیقات صنعتی ایران و وزارت جهاد کشاورزی، به حداقل رساندن استفاده‌های غیردرمانی از آنتی ميكروبيال ها، محدود کردن استفاده‌های درمانی از آنتی ميكروبيال‌ها در دام به‌ویژه داروهایی که برای انسان اهمیت حیاتی دارند، بهبود روند پایش و نظارت بر استفاده از آنتی بیوتیک‌ها در دام و ایجاد دستورالعمل‌های استاندارد برای استفاده از آنتی‌بیوتیک‌ها در دام و زراعت، آموزش دست‌اندرکاران در زمینه استفاده از آنتی‌بیوتیک‌ها در دام و زراعت، ارتقای روش‌های پرورش دام، سطح بهداشت و نیز بهبود روش‌های فرایند، ذخیره‌سازی و انتقال غذا برای به حداقل رساندن خطرات ناشي از استفاده از داروهاي آنتی ميكروبيال در دام براي سلامتي و خطر ايجاد مقاومت میکروبی پیشنهاد می‌شود.